Yakup Karaca, 1960 yılında Ordu’nun Korgan ilçesinde doğdu. İlk ve orta öğretiminin ardından 1979 yılında Ordu İmam Hatip Lisesi'nden mezun oldu. 1985 yılında Ankara Üniversitesi İlahiyat Fakültesi'ni tamamladıktan sonra, akademik yolculuğuna devam ederek Avrupa Birliği Araştırmaları alanında Ankara Üniversitesi'nden 1988 yılında yüksek lisans diploması aldı. Ardından, Johns Hopkins Üniversitesi Uluslararası İlişkiler Enstitüsü'nde Ortadoğu Araştırmaları alanında 1991 yılında ikinci bir yüksek lisans eğitimini tamamladı. 2012 yılında ise Ankara Üniversitesi Hukuk Fakültesi'nde ikinci lisans eğitimini bitirerek hukuki alanda da bilgi birikimini artırdı.
1986 yılında Devlet Planlama Teşkilatı (DPT)'da Dış Ekonomik İlişkiler Genel Müdürlüğü'nde Uzman Yardımcısı olarak göreve başlayan Karaca, 1996 yılında Planlama Uzmanı olarak görevini sürdürdü. 2006 yılında İslam Ülkeleri İstatistik, Ekonomik ve Sosyal Araştırma ve Eğitim Merkezi'nde çalıştı ve 2007’de tekrar DPT Müsteşarlığı'na dönerek Yayın ve Temsil Dairesi Başkanlığı'nda görev aldı. 2010 yılında DPT'den emekli olduktan sonra, Basın İlan Kurumu'nda Genel Müdür Yardımcılığı görevine atandı. 24 Haziran 2015 tarihinde ise Basın İlan Kurumu Genel Müdürlüğü'ne atandı ve bu görevini başarıyla yürüttü.
Arapça ve İngilizce'yi iyi derecede bilen Yakup Karaca, ailesinin güçlü medya bağlarını da yansıtan bir isimdi. Albayrak Grubu Yönetim Kurulu Üyesi İbrahim Karaca'nın kardeşi, Albayrak Medya Dijital ve TVNET Genel Müdürü Ömer Karaca'nın amcasıydı. Ayrıca, Ziya Gökalp, Faysal Gökalp, Namık Kemal Gökalp ve Mehmet Ali Gökalp'in eniştesiydi.
Evli ve iki çocuk babası olan Karaca, 11 Ağustos 2025 tarihinde hayatını kaybetti. Cenazesi, 12 Ağustos 2025’te Merkez Efendi Camii'nde öğle namazını müteakip kılınan cenaze namazının ardından Kazlıçeşme Mezarlığı'na defnedildi.