Nilperi Şahinkaya, 23 Şubat 1988 tarihinde Senegal'in Dakar şehrinde dünyaya gelmiştir. Babası, büyükelçi Salim Levent Şahinkaya'nın mesleği nedeniyle çocukluğu boyunca dört yılda bir ülke değiştirerek farklı kültürlerde büyümüştür. Eğitim hayatına 1993 yılında Paris'teki Ecole Vigée Lebrun'da başlamış, ardından ilkokul yıllarını Charles De Gaulle Fransız Okulu'nda geçirmiştir. 1999'da Ecole Cantonale De Langue Francaise'de eğitimini sürdüren Şahinkaya, 2006 yılında mezun olduğu Charles De Gaulle Fransız Lisesi'ni tamamlayarak Türkiye'ye, özellikle Ankara'ya dönmüştür.
Ankara'ya dönüşünün ardından Bilkent Üniversitesi Müzik ve Sahne Sanatları Fakültesi'nde eğitim almaya başlayan Nilperi Şahinkaya, bu alanda büyük başarılar elde etmiş ve fakülteden mezun olmuştur. Fransızca, Almanca, İtalyanca ve İngilizce dillerini akıcı bir şekilde konuşabilen Şahinkaya, çok dilli ve çok kültürlü bir geçmişe sahip olmanın avantajlarını kariyerine yansıtmıştır.
Televizyon kariyerine 2000'li yılların başında "Deniz Yıldızı" adlı diziyle adım atan Nilperi Şahinkaya, 2013 yılında "Kayıp" adlı dizide rol alarak adını daha geniş kitlelere duyurmuştur. Bu dizide, Mete Horozoğlu, Aslı Enver, İlker Kaleli gibi ünlü isimlerle birlikte kamera karşısına geçmiştir. Aynı yıl, tiyatro sahnesinde de yer alarak, "Kim Korkar Hain Kurttan?" adlı oyunda Zerrin Tekindor, Haluk Bilginer ve Şükrü Özyıldız ile birlikte rol almıştır.
2014 yılında ise "Kiraz Mevsimi" adlı dizide başrolleri Özge Gürel, Dağhan Külegeç ve Serkan Çayoğlu ile paylaşarak büyük bir çıkış yapmıştır. Bu dizi, onun kariyerinde önemli bir dönüm noktası olmuş ve geniş bir izleyici kitlesi kazanmasına yardımcı olmuştur. 2017'de sinemaya adım atan Nilperi Şahinkaya, "Deli Aşk" filminde rol almıştır.
2018'de dijital platformda yayımlanan "Yaşayamayanlar" adlı Türk vampir dizisinde "Melisa" karakterine hayat veren Nilperi, diziye kattığı enerjik ve özgün performansla dikkatleri üzerine çekmiştir. Ardından, 2018-2021 yılları arasında yayınlanan "Yasak Elma" dizisinde Cansu Yıldırım karakterini canlandırarak, izleyicilerin beğenisini kazanmıştır.
Nilperi Şahinkaya, geniş yetenek yelpazesi ve başarılı oyunculuğuyla Türk televizyon ve sinemasının dikkat çeken isimlerinden biri haline gelmiştir. Hem televizyon dizilerinde hem de tiyatro sahnesinde kendini kanıtlamış, sinemada da etkili bir şekilde yer almıştır.