Mustafa Armağan, 24 Şubat 1961 tarihinde Cizre'de, Şanlıurfa kökenli bir ailenin çocuğu olarak dünyaya gelmiştir. İlk ve orta öğrenimini Bursa’da tamamladıktan sonra, İstanbul Üniversitesi Edebiyat Fakültesi Türk Dili ve Edebiyatı Bölümü’nden mezun olmuştur. Eğitim hayatı boyunca edebiyat ve tarih alanlarına olan ilgisi artmış, çeşitli yayınevlerinde editörlük yaparak meslek hayatına adım atmıştır.
1995-96 yıllarında, kültürel ve edebi içerikli İzlenim dergisinin yayın yönetmenliğini üstlenmiş, ardından Sosyal Bilimler Ansiklopedisi ve Osmanlı Ansiklopedisi gibi önemli projelerde yayın koordinatörlüğü yapmıştır. Aynı zamanda M. M. Şerif’in İslam Düşüncesi Tarihi adlı dört ciltlik eserini yayına hazırlamıştır. Armağan’ın yayıma hazırladığı eserlerden bazıları Batı Düşüncesinde Dönüm Noktası (1989), Şehir, Ey Şehir (1997) ve Osmanlı: İnsanlığın Son Adası (2003) gibi önemli kitaplarıdır. Bu çalışmaları nedeniyle Türkiye Yazarlar Birliği tarafından üç kez ödüllendirilmiştir.
Armağan, 1992 yılında yayımladığı ilk telif kitabı Gelenek ile yazarlık kariyerine başlamıştır. Ardından Gelenek ve Modernlik Arasında (1995), Şehir Asla Unutmaz (1996) ve Bursa Şehrengizi (1998) gibi eserleriyle dikkatleri üzerine çekmiştir. Bugüne kadar 70'in üzerinde telif, derleme, yayına hazırlama ve çeviri eserini yayımlamış, kitapları toplamda 2 milyonun üzerinde bir tirajla okurlarıyla buluşmuştur.
Mustafa Armağan, yayıncılıkla ilgili olarak, 10’dan fazla yayınevinde çeşitli görevler üstlenmiş, aynı zamanda dergicilik alanında da önemli başarılar elde etmiştir. Derin Tarih dergisinin yayın yönetmenliğini 2012-2021 yılları arasında 9 yıl boyunca sürdürmüş ve dergiye toplamda 108 sayı eklemiştir. Ayrıca Diyanet İslam Ansiklopedisi için Cemil Meriç maddesini kaleme almıştır.
Gazetecilik kariyerinde ise Yeni Şafak, Zaman ve Star gazetelerinde köşe yazarlığı yapmış, Salih Mercan müstear adıyla tarih odaklı yazılar kaleme almıştır. 2021 yılından itibaren Yeni Akit gazetesinde yazmaya devam etmektedir. Daha önce de İzlenim, Mostar, Yeni Dünya ve Derin Tarih gibi dergilerde köşe yazarlığı yapmıştır.
Televizyonculuk kariyerine 2007 yılında Ülke TV'de Tarık Tufan ile birlikte sunduğu "Tarihte Yürüyen Adam" programı ile başlamış, ardından Turgay Güler ile birlikte "Sıradışı Tarih" programını sunmuştur. TV Net ve Mehtap TV gibi kanallarda tarih üzerine yaptığı programlarla geniş bir izleyici kitlesine ulaşmıştır. Özellikle Akit TV’de Yavuz Bahadıroğlu ile birlikte sunduğu "Kayıtdışı Tarih" programı, televizyonlarda en uzun süre devam eden tarih programlarından biri olmuştur.
Bunun dışında, 1992 yılından itibaren Türk mimar ve düşünür Turgut Cansever’in eserlerini yayına hazırlamış, bu önemli düşünürün fikirlerini geniş kitlelere tanıtmıştır.
Mustafa Armağan, çağdaş tarihsel, kültürel ve edebi konularda derin bilgiye sahip, tarih bilincini topluma kazandırma amacıyla kitaplar yazan ve programlar yapan bir gazeteci, araştırmacı yazar olarak tanınmaktadır. Aynı zamanda Türkiye’nin önemli kültürel mirası üzerine yaptığı çalışmalarla tanınan Armağan, medya ve edebiyat alanındaki katkılarıyla da dikkat çekmektedir.
