Mustafa Şen, 1966 yılında Trabzon'un Akçaabat ilçesinde doğmuştur. Boğaziçi Üniversitesi Tarih Bölümü'nden 1995 yılında mezun olduktan sonra, Sakarya Üniversitesi Sosyoloji Bölümü’nde Yüksek Lisans yapmıştır. Ardından Boğaziçi Üniversitesi Siyaset Bilimi ve Uluslararası İlişkiler Bölümü’nde doktora çalışmalarına devam etmiştir.
Gençlik yıllarında Milli Gençlik Vakfı (MGV) bünyesinde aktif olarak yer alan Şen, 1980-1990 yılları arasında vakfın İstanbul İl Başkanlığı görevini üstlenmiştir. Bu dönemdeki deneyimleri, onun sosyal ve siyasal alandaki kariyerinin temelini atmıştır. Fazilet Partisi'nin İstanbul İl Yönetim Kurulu Üyeliği görevini de üstlenen Şen, aynı zamanda GENAR Araştırma Merkezi'nde Genel Müdürlük yaparak kamuoyu araştırmaları konusunda da önemli bir tecrübe edinmiştir.
Bir süre Başbakanlık Başmüşavirliği görevini yürüten Şen, AK Parti'den iki kez milletvekilliği aday adayı olmuştur. 24 Mart 2021 tarihinde gerçekleşen AK Parti 7. Olağan Büyük Kongresi'nde, AR-GE (Araştırma, Geliştirme ve Eğitim) alanından sorumlu Genel Başkan Yardımcılığı görevine getirilmiştir. Bu görevine halen devam etmekte olan Şen, parti içindeki stratejik gelişmeleri şekillendirmeye katkı sağlamaktadır.
Evli ve üç çocuk babası olan Mustafa Şen, iyi derecede İngilizce bilmektedir. Hem akademik hem de siyasi kariyerinde önemli başarılara imza atmış, Türkiye'nin siyasi yapısına önemli katkılarda bulunmuş bir isim olarak tanınmaktadır.
