Çetin Doğan, 15 Mayıs 1940 tarihinde Trabzon'un Maçka ilçesinde dünyaya geldi. 1960 yılında Kara Harp Okulu’nu tamamlayarak Türk Silahlı Kuvvetleri’ne katıldı ve 1961'de Topçu Okulu'ndan mezun oldu. Askerlik kariyerinde hızla yükselen Doğan, 1987’de Tuğgeneral rütbesine terfi etti. Ardından çeşitli askeri görevlerde bulundu; Genelkurmay Komuta Kontrol Daire Başkanlığı, 1. Zırhlı Tugay Komutanlığı, Genelkurmay Plan Harekat Daire Başkanlığı, 4. Kolordu Komutan Yardımcılığı ve 1. Mekanize Tümen Komutanlığı gibi önemli görevleri başarıyla yürüttü. Ayrıca Genelkurmay Harekat Başkanlığı ve Jandarma Asayiş Komutanlığı gibi kritik pozisyonlarda da görev aldı.

1999 yılında Orgeneralliğe terfi eden Doğan, Ege Ordu Komutanlığı'na atandı. 2004 yılında 1. Ordu Komutanı olarak görevini sürdürürken, emekli oldu. Çetin Doğan’ın ismi, 28 Şubat süreciyle de özdeşleşmiştir. Özellikle Batı Çalışma Grubu’nun başkanlığını üstlenmesiyle gündeme gelen Doğan, bu süreçte yürütülen fişleme faaliyetleri ve laiklik karşıtı hareketlerin izlenmesi gibi iddialarla anılmıştır. 16 Nisan 1997 tarihli bir BÇG belgesinde camilerdeki faaliyetlerin gözetim altına alınması talimatını veren Doğan, bu uygulamanın da tartışmalara yol açmasına neden olmuştur.

Çetin Doğan, Türk Silahlı Kuvvetleri'nden emekli olduktan sonra dönemin Cumhurbaşkanı Ahmet Necdet Sezer tarafından Ahmet Yesevi Üniversitesi’nin mütevelli heyeti başkanlığına atanmıştır. Ancak, 11. Cumhurbaşkanı Abdullah Gül döneminde görevden alınmıştır.

Doğan’ın adı, 2003 yılında Balyoz Darbe Planı iddialarıyla anılmaya başlamıştır. Taraf gazetesi, Doğan’ın da içinde yer aldığı bir grubun Balyoz darbe planı dosyalarını hazırladığını öne sürmüştür. Doğan, bu suçlamaları reddederek söz konusu belgelerin darbe planı değil, sadece bir harp oyunu senaryosu olduğunu savunmuştur. Ancak, 22 Şubat 2010’da İstanbul Cumhuriyet savcıları tarafından yapılan operasyon kapsamında aralarında Doğan’ın da bulunduğu 49 askeri gözaltına almış, Çetin Doğan 6 Şubat 2010'da tutuklanmış ve Silivri Cezaevi’ne gönderilmiştir. Bir süre sonra serbest bırakılan Doğan, bu süreçte kamuoyunun yoğun ilgisini üzerine çekmiştir.

Çetin Doğan, askeri kariyerinde önemli görevler üstlenmiş, aynı zamanda Türkiye’nin yakın tarihindeki en tartışmalı dönemlerden birine tanıklık etmiştir.