Emilia Clarke, 26 Ekim 1986 tarihinde İngiltere'nin başkenti Londra'da dünyaya geldi. Çocukluk yıllarını Berkshire bölgesinde geçiren Clarke’ın babası tiyatro sektöründe ses mühendisi olarak çalışırken, annesi iş dünyasında faaliyet göstermekteydi. Oyunculuğa olan ilgisi ise henüz üç yaşındayken babasının görev yaptığı tiyatroda izlediği Show Boat müzikali sayesinde başladı.
Eğitim hayatında önce Oxford’daki St. Edward’s School’da, ardından Rye St Antony School’da öğrenim gören Clarke, 2009 yılında Drama Centre London'dan mezun olarak profesyonel oyunculuk kariyerine adım attı.
Kariyerinin ilk dönemlerinde çeşitli televizyon projelerinde yer alan oyuncu, 2009 yılında yayınlanan Doctors dizisinde Saskia Mayer karakterini canlandırdı. Bir yıl sonra ise Triassic Attack filminde Savannah karakteriyle izleyici karşısına çıktı. Bu performansının ardından Screen International dergisi tarafından gelecek vadeden İngiliz oyuncular arasında gösterildi.
Asıl çıkışını ise 2011 yılında, George R. R. Martin’in eserlerinden uyarlanan Game of Thrones dizisinde canlandırdığı Daenerys Targaryen karakteriyle yaptı. Bu rol sayesinde dünya çapında tanınan bir isim haline gelen Clarke, performansıyla birçok ödül ve adaylık elde etti. 2011 yılında Ewwy Ödülleri’nde En İyi Yardımcı Kadın Oyuncu ödülüne layık görüldü.
2013 yılında Futurama için seslendirme çalışmaları yapan başarılı oyuncu, Marianne karakterine sesiyle hayat verdi. Sinema kariyerinde de önemli projelerde yer alan Clarke, 2016 yapımı romantik dram filmi Me Before You'nde Sam Claflin ile başrolü paylaşarak Louisa Clark karakterini canlandırdı ve performansıyla geniş beğeni topladı.
