2008-2010 yılları arasında Ankara'da görev yapan Jeffrey, Fetullah Gülen'e yönelik eleştireleriyle biliniyor. Sabah gazetesine konuşan ABD’li diplomat, “Türkiye'de herkes darbenin arkasında Gülen olduğuna emin. Washington neden farklı düşünüyor?” sorusuna, “İnsanlar şüpheciler. Ben pek değilim. Bu meşru olmayan gizli bir güç. Bunda hiç şüphe yok” yanıtını verdi. James Jeffrey, “Gülen'in kültvari bir organizasyon yönettiğine inanıyor musunuz?” sorusu üzerine şunları söyledi: “Kült benzeri bir organizasyon. Yukarıdan yönetiliyor. Fetullah Gülen'in yönettiği söylense de gerçek karar alıcı o mu bilmiyorum. Şeffaf değil. Üyeleri gizli. Ve, devlet içerisinde etkisini kullanıyor. Bunun en son örneği darbeydi. Diğer örneklerden biri Balyoz davasıydı, 2012'de PKK lideri Abdullah Öcalan'la görüştüğü için MİT Müsteşarı Hakan Fidan'ın soruşturulmasıydı. 2013'te hükümet aleyhine yapılan operasyonlardı. Bunların hepsi siyasi amaçlarla yapıldı. Hakimlerin bağımsız kararları değil, Gülencilerin karşıtlarına yönelik yaptıkları şeylerdi.” Jeffrey ayrıca, “Türkiye kamuoyu Gülen'i hemen uçağa koyup göndermemizi bekliyor. Bu ancak mahkeme kararıyla olabilir. Bu da vakit alabilir.” dedi.