2016-2017 Ziraat Türkiye Kupası 3. Eleme Turu Kura Çekimi, TFF'nin Beykoz-Riva'daki idari merkezinde bulunan Orhan Saka Salonu'nda gerçekleştirildi.
Kura çekim töreninde TFF 1. Başkanvekili Servet Yardımcı, TFF Yönetim ve İcra Kurulu Üyesi Ali Düşmez, TFT Genel Sekreteri Kadir Kardaş, TFF Maç Planlama Müdürü Besim Yalçın ile kura çekimine katılan kulüplerin temsilcileri yer aldı.
Maçların 25, 26 ve 27 Ekim tarihlerinde tek maç eleminasyon usulüne göre oynanacağı Ziraat Türkiye Kupası 3. Turu'nda eşleşmeler şöyle oluştu:
Sivasspor - Bugsaş Spor
Samsunspor - Menemen Belediyespor
Pendikspor - Gençlerbirliği
Kırklarelispor - Gaziantep Büyükşehir Belediyespor
Bursaspor - Yomraspor
Akhisar Belediyespor - Nazilli Belediyespor
İnegölspor - Sarıyer
Afjet Afyonspor - Ümraniyespor
Bandırmaspor - Sancaktepe Belediyespor
Kasımpaşa - Kahramanmaraşspor
24 Erzincanspor - Yeni Malatyaspor
Kızılcabölükspor - Kocaeli Birlik Spor
Kayserispor - Bucaspor
Balıkesirspor - Darıca Gençlerbirliği
Yeni Amasyaspor - Denizlispor
Çorum Belediyespor - Trabzonspor
Elazığspor - Ofspor
Galatasaray - Dersimspor
Büyükşehir Belediye Erzurumspor - Tuzlaspor
Fatih Karagümrük - Göztepe
Gaziantepspor - Düzyurtspor
Boluspor - Elaziz Belediyespor
Amed Sportif Faaliyetler - Keçiörengücü
Aydınspor 1923 - Antalyaspor
Çaykur Rizespor - Fethiyespor
Gümüşhanespor - Konya Anadolu Selçukspor
Büyükçekmece Tepecikspor - Şanlıurfaspor İHA
